陳儀、柯遠芬等知道蔣介石的援軍快到基隆，故意製造更大的「暴亂」假像，讓援軍的鎮壓更有藉口。「台灣二月革命」記述說：
「圓山方面忽然傳來一陣緊急的機槍聲音，接著長官公署，警備總部，警務處，供應局倉庫，警察大隊，鐵路警察署，警察訓練所，臺灣銀行，法院等處，都是大砲、機槍、步槍，響成一片，再接著各馬路上皆是機槍步槍的聲音，全市浮遍了恐怖的子彈聲響。」
中央社也報導8日基隆、台北二處有「暴民」再度攻擊官署，報導中說：
「亦有暴徒分組發動攻勢，昨夜十時半圓山海軍辦事處首被襲擊，其他暴徒則分別攻擊供應局倉庫，警備總司令部陸軍警察及公署，頓時步槍、機關槍及手榴彈聲大作，約歷一小時。」
閩台監察使楊亮功昨午即乘海平輪自閩抵達基隆港，下午十時始能登岸，同輪抵台者有憲兵兩營，楊氏亦乘載運憲兵之卡車於今晨二時自基隆出發，行至中途，遭遇暴徒之阻截。但蔣渭川卻明白指出全係捏造：
「昨夜在圓山方面有假戰鬥真殺人的事件，據說在圓山運動場及動物園附近，國軍放了很多的空槍，槍聲響到全市。有相當的時間後，由卡車運來不知何處殺死的死屍二十多具，有些是穿著國軍軍服的死屍，有些則是穿著以前日治時代的國民服，放在路邊當作戰死的樣子。然後由長官公署驅使數台汽車，坐著十多名高級軍官來巡視，並由在其現地的軍人報告土匪暴徒數千人襲擊台北，此次戰鬥，由英勇作戰的國軍把土匪暴徒擊退，並指死屍就是戰死者，著國軍服裝的是戰死的國軍，穿國民服的死屍是戰死的土匪暴徒，那些來巡視戰線的高級軍官，因而大發震怒，下令戒嚴。還有一位在圓山的姓何的老朋友也來報告，其所說內容與另一位青年報告相同，說該二十幾具的死屍，全部都是被殺死的老百姓化裝的，青年又說，這明明是柯遠芬的把戲，藉以作為再戒嚴的口實……。」
至於楊亮功遭狙擊一事，楊亮功在報告中也認為「這件事始終是一疑問。」他在報告中對於此事曾附加說明：「據云在京滬的台籍人士在報上看見此消息後，曾謁見于院長(按：監察院長于右任)，特別說明：放槍打車者並非本省人，而是警備總司令部要擴大事件。」
隔天(3月9日，上午十時)，警總參謀長柯遠芬，引導派來台調查的閩台監察使楊亮功，到圓山陸軍倉庫前面廣場，指著在廣場上的數百個屍體說：「這些是昨晚進攻倉庫，被國軍擊斃的奸匪暴徒。」然則，該處附近並無戰鬥跡象，死者都是十八、九歲的青年學生。原來那些青年學生，都是在陳儀承諾下，派來維持治安與交通的青年學生。
美國國務院所刊行的《對華白皮書》中，曾提到軍隊濫殺的情形：
「3月9日起，發生廣泛而無差別的殺戮行為。在美國領事館員的宿舍前面，工人並未有任何挑釁行為，就被刺刀刺死。也看到軍人搶奪行路人的錢財。婦女從家中被拉走，老人跑出去抗議，即被兩個軍人砍倒。服務於教會醫院的一位加拿大籍護士，勇敢地奔梭於槍彈中，搶救受傷的人們。當她帶領負傷者往醫院的途中，軍人從後面開槍把負傷者射死。年輕的台灣青年被綑縛起來，用鐵線貫穿手掌，拉過街道盡端。教會附近，一個小學女教師從後面被擊，被掠奪。有一美國婦人的家，受到附近陣地的機槍射擊，一個英國企業家要去救她，子彈貫穿了他的衣服，幸未打中身體。另一個外國人看到一個騎自行車的青年，被憲兵叫下來，用刺刀刺穿了手掌。有人要躲，有人要逃，可是人們被射擊。軍人看到任何喜愛的東西，即掠奪過來。3月10日，領事館附近萬華一帶，許多商店主人被射擊。」
二二八事件處理委員會的開會地點中山堂，自3月8日下午以後，頓然成為慘絕人寰的殺戮戰場。根據一位任職法院的目擊者口述：
「陳儀於8日下午，最先派了一個大隊包圍中山堂，其中的一中隊衝進中山堂內，把各樓各室正在處理各部門事務的學生、青年共兩百多名，亂殺一陣。有的被刺刀刺死，有的被推出窗外，當中有幾個女學生，被抓住長髮拋出窗外，發出悲鳴，青蛾似地從空中亂舞而下，罵著中國兵：『鬼畜生的支那兵!』『阿母!救人啊…』，直到氣絕。從四樓掉落下來的人，頭破骨折，當場死亡。但從二、三樓被拋出來的人，只是半死，這時在外面待機的士兵，就再用刺刀刺死。屍體手上帶錶的被切斷手掌，指頭帶戒指的被切斷手指。愈來愈多的士兵在搜索屍體身上的口袋，鈔票被搜光。」
9日清晨，聽到警備司令部柯參謀長的廣播云：
「昨夜有奸匪暴徒數千名武裝進攻圓山倉庫、警備總司令部、長官公署、台灣銀行等機關，實屬不法已極，雖然國軍趕到擊退，但從九日起，台北基隆一律宣佈戒嚴，以便搜緝奸匪暴徒。」
廣播電台天天傳達警備總部的命令：
「一切公務員必須立刻上班，一切學生必須照常上課，一切工人必須照常上工。」
守法的台灣人一批批的學生上課了，但這些學生都被射死在校門前，公務人員也一個個的踏著自行車去上班，但是他們都死在十字街頭，或大南門旁邊，工人也上了工，但他們也都一去不復返！自9日起至13日之間，足足四晝夜，到處都是軍隊在開槍，或遠或近，或斷或續，市民因要買糧食外出，動輒遭射殺，因此馬路上，小巷內，鐵路邊，到處皆是死人。鮮紅的血、模糊的肉，比二二八當日不知多了幾十倍，這些死者都是台灣人。士兵看到台灣人的怪裝束，不問話，即開槍射殺。遇到大陸人則不加盤問。
楊亮功的報告中，談到3月10日當天外出看到的情形：
「我借用長官公署轎車。車旁站有憲兵以示警戒。所過街道，哨兵林立、行人斷絕。時見有死人，橫屍於途。」
被屠殺的民眾大多拋棄在淡水河，河水被鮮血染紅，一個個屍體浮在水面上，真是慘不忍睹。10日，陳儀又嚴令撤銷各地處理委員會，因為各地處理委員會有種種越軌行動，發表叛逆性的「處理大綱」。警備總部亦發表取消一切「非法團體」，禁止集會遊行。
蔣介石心目中「秩序亦佳」的軍隊，受命「不得採取報復行動」的軍隊，正進行著一場比「報復」更為殘忍的屠殺與劫掠。不僅台北市如此，其他部份市鎮，也都隨著軍隊的來到而陷入恐怖的大肅殺之中，許多青年、學生、民眾，一卡車一卡車地被捕捉而去，一去不回。各地的殺戮慘狀，實不忍睹。
軍隊登陸基隆後的情形，根據目擊證人（基隆人）向台灣史學者楊逸舟說：
「登陸的士兵對著碼頭工人與苦力，未加任何警告就突然用機槍掃射，瞬時有數十名、數百名的工人應聲倒下，悲鳴與號聲四起。市民見狀，便亂奔亂竄，慢一步的人就成為槍口的獵物。惡魔突然降臨，橫掃市街，死傷者倒在路面，到處皆是……。數百名被認為『暴徒』的人們，足踝被貫穿鐵線，三五人一組被拋進海中。有時，十數人一組，同鐵線貫穿手掌，有的已氣絕，有的半氣絕，統統綑成一團，拖入海中。不數日，無數的無名屍像海綿似的吸飽海水，浮上海面，漂到海邊來。」
住在基隆的許曹德，當時年僅十歲。軍隊登陸當天，他躲在門縫邊，窺見殺戮的鏡頭，以下是他的片段回憶：
「我不知道什麼時間軍隊登陸，但聽到風聲，家裏準備緊閉店門、防止意外的下午，便聽到南榮市區方向傳來恐怖的槍聲、人群奔逃嘶叫聲、軍隊對行人吆喝站立聲、不斷的雙方向射擊聲。從店門的縫隙看出去，看到軍隊舉槍對任何起疑的人物，無論大人小孩一律射殺的恐怖鏡頭。直到黃昏，我們仍然不停的聽到外面恐怖的槍聲、機關槍聲、抓人的命令聲、喊冤枉的呼救聲，子彈甚至都打到店門，樓房外牆柱子也感到軍隊槍托的碰撞聲。直到深夜，整個市區戒嚴，平常晚上必然聽到的盲人按摩的幽怨吹笛聲、行人聲、馬路卡車聲，一下戛然而止，化為死城。第二天，恐怖加劇，街上任何人物移動、任何抗拒，當場被射殺。我們聽到附近軍隊衝進巷子、民房，搜捕嫌疑人物。我們偷偷看到馬路上一批批青年在槍尖下被押向市區，看到一輛輛軍用卡車載著面露恐懼的青年駛向市區。我們看到馬路邊從昨天躺臥到現在，今天又增多的一具具屍體，我看到比戰爭時期被轟炸、被飛機射殺的場面，更驚怖百倍的鏡頭，射殺一個人就像踩死一隻螞蟻一樣。我們整天都活在極度的恐懼中，不知這些野蠻軍隊，會不會衝進我們店裡搜捕，此時，任何二十幾歲的台灣人，只要踏出門口，休想活著回來。」
9日，由上海開來的第21師也已抵達，登岸時又開始大殺一陣，但劫運未滿，在石延漢市長的指揮下，警察隊到處捕人，捕了數百個所謂的「奸匪」、「暴徒」，用鐵絲穿過足踝，每三人或五人一組，捆綁一起，單人則裝入麻袋，投入海中，天天海面皆有死屍浮出。要塞司令史宏熹也率領武裝軍人逐日大捕大殺，其屠殺方法，殘酷絕倫，二十名青年學生，被割去耳鼻及生殖器，然後用刺刀戳死。因此，被陳儀記大功一次。不但所謂的「奸匪暴徒」殺光了，殺得興起，連基隆參議會副議長楊元丁也被當成「奸匪」投入海中。
以高雄市來說，彭明敏的回憶錄這樣記述著：
「在二二八事件中，以及國民黨軍隊抵達以後數週內，高雄的情況很慘。在這時期，高雄要塞司令彭孟緝得到了「高雄屠夫」的惡名。比如，當許多高雄市領導人士聚集於市政府禮堂討論這次危險時，門突然被關閉而受到機關槍掃射；家人被迫在火車站前廣場觀看父親或兒子被槍決；在槍決之前，還有許多慘絕苦刑加諸人犯。」
台灣旅滬六團體對於當時全島多處民眾遭屠殺的慘況，有如下的記述：
「屠殺方法殘酷無倫，(一)如基隆車隊用鐵絲穿過人民足踝，每三人或五人為一組，捆縛一起，單人則裝入麻袋，拋入海中，基隆海面最近猶時有屍首。(二)高雄軍隊對集會中千餘民眾用機槍掃射，全部死亡。(三)台北行動隊便用機槍及坦克彈殺害平民。(四)基隆軍隊割去青年學生二十人之耳鼻及生殖器，然後用刺刀戳死。(五)台北將所捕平民四、五十名由三層樓上推下，跌成肉餅，未死者再補以刺刀。(六)高雄將人釘在樹上，任其活活餓死(七)卡車上巡邏兵見三人以上民眾即開槍擊殺。(八)哨兵遇路過民眾，不問情由開槍擊殺。(九)各地大批逮捕平民、未經審訊即綁出槍決或半途而處決。(十)嘉義、台南一帶人民因聞蔣主席與白部長一律從寬免究之廣播後，向當局自首竟被捕槍決。(十一)軍隊以『清鄉』為名，向民家搜查，將財物取去復殺人滅口。」
關於軍隊屠殺平民的情形，文獻記載歷歷在目，目擊者也言之鑿鑿，但是當時的二十一師師長劉雨卿並不認為軍隊有屠殺人民的情事。劉雨卿在他手著《恥廬雜記》中，回憶二十一師來台的情況，說：
「凌岳兩旅（按指凌諫銜、岳星明所率之兩個整編旅）及師屬部隊自上海及連雲港分別上船，由海道運送，於八日分別抵台，先後在基隆、高雄陸續登陸，藉地方開明人士之協助：先鞏固省會要地，一部向情況緊急之嘉義空中挺進，同時集結在南部及北部之部隊，循著鐵路縱貫線及其兩側地區，分別向南、向北掃蕩前進．於台中會師。另以獨立團向台東方面挺進。暴徒係臨時糾合之眾，既無一定組織與嚴格統御，自然缺乏戰鬥能力，有聞風自動解體者，有略事抵抗即經我擊潰者，經十餘日之清掃，最後將謝雪紅殘部驅散於埔里迄日月潭地區，各地方政權隨情勢之轉移，次第恢復，暴亂遂即終止。」
他還特別強調：「本師抵台後，官兵精神煥發，恪守紀律，軍民相處水乳交融，經常參與地方各種集會，增進相互間之了解。及至奉調離台時，彼此尚多依依惜別之感。足見川中健兒，明大義、守紀律，未敢後人。」
但是，如果說二十一師完全「明大義、守紀律」，則也未免太過溢美。那花蓮名醫、制憲國代張七郎及其兩個兒子於4月4日晚上無緣無故遭軍隊捉走，槍斃於鳳林鎮郊外，那不正是二十一師所屬獨立團第二營第五連的軍隊所為嗎？事實上，自3月8日援軍抵台以後，軍憲的角色，「屠殺」大於「鎮壓」。真正擁兵反抗的地方很有限，需要軍隊真正「鎮壓」的地區，僅限於嘉義附近、中部一帶而已。其他許多市鎮，在軍隊來臨之前，經由「處理委員會」的斡旋調解，早已趨於平靜，因此，來台軍隊所遭遇的抗鬥，規模並不大，無怪乎二十一師的駱團長有感而發說：「此次戰鬥是多年戰場經驗中最輕易的戰鬥，可說連警戒戰都說不上。」
至於嘉義一帶的民兵，圍困水上機場的局面，自9日以後，台北的飛機裝運糧食彈藥及部隊增援機場內的軍隊而漸趨改觀。加上一位嘉義的名人劉傳能（半山），從台北趕回，遊說嘉義的「二二八事件處理委員會」和嘉義士紳們，希望即刻撤退水上機場外的包圍，恢復水電，殺豬宰羊，供應糧食給受困於機場要塞內的軍隊，以作「和談」條件，於是，守在機場外及戰壕內的民兵，終於撤守。這個局面，也是埋下了陳澄波、潘木枝、盧炳欽等「和平使者」被捕遭槍斃的命運。
台中方面的謝雪紅，於13日以後，隨著二七部隊退入埔里。二七部隊並於烏牛湳一帶與國府軍發生激戰，最後潰散。
南京出版的《建設日報》，刊出「台灣政治建設協會」、「閩台建設協進會」等七個團體的公開信，信中指責陳儀說：
「迺自3月8日、國軍開到以後，推翻諾言順利採取報復性之恐怖政策，對徒手民眾任意開槍殺傷或掠取財物，社會賢達地方耆紳，如陳炘、王添燈等二百餘人均被捕拘禁，其他或被監視宣告失蹤，台北大學教授、學生被格殺二十餘人之多，台北市內軍憲密布，商店罷市，路無行人，全城陷入恐怖狀態，居民惴惴自危，而真正行凶暴徒，反脫逃無蹤。最近更出動空軍調撥軍隊，欲對台中嘉義台東花蓮港等處民眾採用武力鎮壓政策。長此以往，兵連禍結不可收拾，與中央派大員宣慰，及以和平方式處理之方針顯相違悖，陳長官受國家付託，握軍政財經刑法全權治台，年餘暴政百出、民怨沸騰，致引起空前丕變。今竟惱羞成怒，倚藉兵力，發揮獸性，實行報復性之恐怖行為…」
陳儀當局自3月9日以後，即開始有計劃地逮捕台灣的知識菁英。許多著名的教授、律師、醫師、作家、民意代表、教員……等地方領袖、社會名流，紛紛被捕，或下落不明，或公然處決。他們之中，絕大部分的人都未曾參與任何暴動，但卻慘遭不測。例如：美國哥倫比亞大學留學歸來的台灣第一位哲學博士台大教授林茂生，於3月10日清晨被謊稱台大校長有事找他的情治人員帶走，一去不回。據聞，其屍體被裝在麻布袋內，棄入淡水河裏。同樣也是從哥倫比亞留學回來的台灣本土金融先驅，大公企業的創辦人陳炘，於3月11日清晨六時許，在病榻中被刑警叫走，也一去不回。省參議員、二二八事件處理委員會的宣傳組長王添燈被憲兵捉走，最後遭憲兵第四團團長張慕陶命衛兵在其身上淋汽油，點火燒死。其他像省教育處副處長、「人民導報」社長宋裴如、高等法院推事吳鴻麒、台北市律師公會會長李瑞漢、及其弟律師李瑞峰、醫學博士施江南、「台灣新生報」總經理阮朝日、「台灣新生報」日文版編輯吳金鍊、台北市參議員黃朝生、徐春卿、李仁貴、陳屋，以及前新竹地檢處檢察官王育霖、省參議員兼制憲國大代表林連宗、著名的抗日運動社運家廖進平、淡水中學校長陳能通……，也在3月10日左右展開的大整肅中被捕遇害，連屍體都下落不明。
基隆市參議會副議長楊元丁被槍殺後，屍體棄入基隆海邊。省立宜蘭醫院院長郭章垣，與其他七名地方人士被士兵逮捕後不到十二小時，就被槍殺於頭圍鄉，後被推入土坑掩埋。著名的畫家嘉義市參議員陳澄波，三民主義青年團嘉義分團主任陳復志，以及嘉義市參議員潘木枝、盧炳欽、柯麟等人，因擔任「和平使」赴水上機場交涉，卻被逮捕，最後被綁赴嘉義火車站前槍斃示眾。岡山教會牧師蕭朝金，於事件中勸年輕人勿輕舉妄動，也一樣遭士兵逮捕，槍殺於岡山通往大岡山的平交道旁，死前受盡酷刑，鼻子、耳朵都被割掉。
花蓮縣參議會議長、制憲國大代表張七郎名醫及其兩個兒子張宗仁(醫師)、張果仁(醫師)，於4月4日同一晚無故被捕，當夜父子三人被押解到鳳林鎮郊外的公墓慘遭凌辱後槍斃。身上衣物也被剝洗一空。
如上述這類菁英分子遇難的個案，實多不勝舉，而且他們之中，幾乎都沒有經過公開的審判。遇難冤死者，不可勝數，至於被捕坐獄者，則更不知凡幾…。
但不得不提的是，許多在動亂中，勸人勿妄動，保護大陸人，出面調解的地方領袖，反而在大整肅中被捕遭陷。
這種濫捕濫殺的行徑，楊亮功在他的「二二八事變奉命查辦之經過」中，有如下的報告：
「問陳在此次事變中警備總部到底逮捕了多少人，處決了多少人?
我回到南京時可能有人問及此事。陳就推說要他的參謀長柯遠芬來見我向我報告，稍後柯遠芬來見我，我再問他到底拘捕私處決了多少人，他即交給我一張名單：『蔣渭川、謝雪紅、張睛川、黃朝生、王添燈、白成枝、呂伯雄、李仁貴、郭（鄧）進益、廖進平、陳屋、郭國基、潘渠源、林日高、林棟材、王萬德(得)、潘欽信、蘇新、徐春卿、王名貴、陳旺成、林連宗、駱水源、陳篡地、陳瑞安、張忠誠、張武曲、顏欽賢、廖文毅、廖文奎等。』我一看這名單就是報紙上公佈被通緝的三十幾人的名單。當時我很生氣，我問柯除了名單上的三十幾人外，還有多少人被補或被處決。他並未答覆我，也沒再說什麼，即辭去。實際上他本人就是違法殺人作惡，所以他不能詳作報告。有林家花園主人林某（按即林宗賢），柯說他曾參加暴動，命其寫悔過書即可無事。等待林某悔過書寫成，柯即據其悔過書加以勒索鉅款。當時我已回到南京，接獲台北辦事處主任鮑良傅報告，當即電陳公洽查詢，陳覆電已命將此案移交新成立省政府處理，柯氏之敲詐，遂未得逞。此不過是柯氏作惡之一例。」
像柯遠芬這樣利用職權勒索敲詐的情事，多不勝舉。有些被捕者為了逃生，賄賂軍方避免受害。「破財消災」的做法，最後能撿回一條命，已是萬幸；但有些人雖然散盡家財，最後卻仍賠掉生命。軍特統治的恐怖與黑暗，於此可見。
為何連沒有「亂」的人也要「平」?
誰應承擔這個有計劃的大規模政治謀殺與整肅行動的後果?
1992年柯遠芬在美國接受賴澤涵的訪問時表示：
「當時的局勢雖然有點亂，但只要依照先總統蔣公的指示辦理，執行起來就沒有什麼困難。」
柯遠芬是在推諉責任呢 ? 抑或在吐露真情
?
蔣介石既然有令在先，「嚴禁軍政人員施行報復否則以抗令論罪」，則事後應該有追究責任的處置。然而，事後並沒有任何一位主事者因此而以抗命罪被論處，濫捕、濫殺、施行報復的主事者－陳儀，反而升任為浙江省主席。而在高雄大屠殺的要塞司令彭孟緝，於事件後，反而被記兩次大功，並被擢升為台灣警備司令。原警總參謀長柯遠芬升任金門防衛部司令。因此真正主導此次大屠殺的幕後黑手，讀者諸君大概已心知肚明，不用再明確指出了。
