3 月 6 日上午十時，高雄市二二八事件處理委員會在高雄市政府禮堂召開會議。為避免事態擴大，故推派市長黃仲圖，市參議員彭清靠、涂光明、曾豐明、林界等七人為代表，向要塞司令彭孟緝交涉，希望彭司令能約束他的巡邏隊，不要再繼續射擊平民百姓或威脅委員會成員，並在處理委員會討論改革建議期間，將軍隊暫留於營區，不要外出。

 不料，當七位代表一上山，彭孟緝隨即翻臉，當場扣押了四位代表，除了彭清靠之外，其餘三人被槍決，同時只准市長黃仲圖一人返回報告。而在黃市長尚未到處理委員會報告情況下，要塞司令便派三百餘位軍人，於吉普車上架機槍，士兵則手持著步槍，一路自要塞殺下來。不論男女老幼，見人就殺，掃射的子彈就像「西北雨」一般，接著屍橫遍野，哀嚎之聲不絕於耳。害怕的民眾躲在愛河中，「國軍」一看，河水上有水泡，知道有人，也不放過，向水中掃射一番後再離去。而處委會及一般民眾尚在禮堂中等待代表的回音，但彭軍已到，機槍步槍齊發，當場擊斃的約有四十人，傷百餘人。殺完後，轉換方向再殺。爾後將屍體任意丟入河中，鮮紅的血水流入西子灣，將灣內海水染成一片赤紅。參議員邱道得奉命勞軍進入市府，腳下踩的都是死屍，且血流滿地，一如泥濘。前高雄市長王玉雲回憶說，他被勒索大量金錢，才在一地下室中救出其弟，室內積血逾五公分。 這種慘無人道的屠殺一直持續到8日下午。

       在軍隊屠殺稍歇之後，此時老弱婦孺才敢冒險出來尋覓親人屍體。累計死亡人數達數千人。而指揮此次高雄大屠殺事件的主角彭孟緝，非但沒有遭到譴責，反而獲得蔣介石贈勳頒獎，晉升為台灣省警備總司令，後又晉升參謀總長。