自 3 月 9 日的大逮捕、大整肅，到 3 月 13 日，全島已納入陳儀當局的控制中。17 日國防部長白崇禧到台「宣慰」以緩和民心，但台灣人民的災難並沒有終止，接下來的「綏靖」─武力掃蕩，和持續的「清鄉」，才是一連串惡夢的開始。

 經「三月大屠殺」之後，人民的心悸猶存，驚慌恐懼尚未恢復，接著 3 月14 日警備總司令部又公告「肅奸」，「對奸偽份子應隨時注意檢舉」，「如敢違逆，定予同罪。」這公告讓民眾感覺到另一波恐怖與肅殺之氣即將到來。

   3 月 20 日陳儀發布「為清鄉告民書」，這文告用中、日兩種文字列出，以便讓更多人看得懂。陳氏說明清鄉的目的是在「確保治安」，清鄉的主要對象是「武器和惡人」，要求人民將「武器」和「惡人」，交給政府，由政府作合理合法的處理。凡是「私藏武器匿而不交的，自然是亂黨叛徒，一經查出，即將嚴厲制裁。」對於所謂的「惡人」，「要立即檢舉、密報」，「若敢窩藏亂黨叛徒，匿而不報」，經查出，「即與亂黨叛徒同罪」。

    這「清鄉」的工作如何進行，茲以二十一師參謀長江崇林在台中的作法為例：

 「施行全市（按指台中市）總清查。先綜合黨政、情治、軍警各單位資料，再依調查所得，列出嫌疑份子名單及其住所或活動場所。同時召集台中市各區區、里長及一部份鄰長和市府官員集會，說明總清查目的、動向，要求提供意見給予協助。然後宣佈全城戒嚴，斷絕交通。從黃昏開始，本師派出部隊配合憲兵、警察，分區帶同地方人員，循序徹底清查。」

   此時猶如驚弓之鳥的民眾，害怕家中有日本軍人所遺留下來的物品，會惹禍上身，因而將一些和武器沒有直接關係的物品，都繳交出來。貪得無饜的軍方自是照單全收。二十一師參謀長林崇江回憶說：

 「清整收繳的軍品中，軍用附件為數頗多，如服裝—包括陸軍、空軍制式軍服、工作鞋、皮鞋、手套、佩刀、短刀、武士刀、獵槍、望遠鏡、測量儀……好像顯屬日軍遺贈，但均全部交出。」

 由於「惡人」標準，全由當局主觀認定，誰是「惡人」，根本就無法認定，甚至連自己什麼時候會成為當局的「惡人」，任誰也不知道，因而人人自危，惶恐不可終日。警總參謀長柯遠芬撂下狠話說：

 「有些地方上的暴民和土匪成群結黨，此等暴徒淆亂地方，一定要懲處，寧可枉殺九十九個，只要殺死一個真的就可以。」

 並引用列寧的話說：「對敵人寬大，就是對同志殘酷。」因此，在「寧可枉殺九十九個」的心態下，台灣的社會充滿著恐怖的氣氛。

    往後，常有人被捕，被槍決。自認有可能被牽連者，開始躲躲藏藏的逃亡生活。自認不是惡人，也與此事件無關的地方士紳及菁英，反而常常莫名其妙的被捕，而後失蹤，至今連屍骨也不知在何處。這種使人民家庭破碎，妻離子散，活著的人在幽暗處哭泣，承受無奈驚恐的心情，又怎是主謀的劊子手所能體會的？

    「清鄉」時間一直銜接到 1949 年國民黨政府撤退來台後的「白色恐怖」，時間之長，真可創下金氏紀錄。至於那些在「清鄉」階段被「從寬處理」的人，在「白色恐怖」階段，重算舊帳，如阿里山的高一生、湯守仁…等先後遭槍決的命運。台灣人民的性格遭扭曲變形。